In der zweiten Staffel gehen die Detectives Jim Gordon und Harvey Bullock gegen die wuchernde Korruption in Gotham City vor - und ihr neuer Vorgesetzter Captain Nathaniel Barnes führt ein strenges Regiment. Um die Sache voranzutreiben, erbittet sich Gordon fragwürdige Unterstützung vom König der Gotham-Unterwelt: dem Pinguin. Doch in der düsteren Metropole wimmelt es von ebenso ehrgeizigen wie übergeschnappten Kriminellen wie Edward Nygma, Professor Hugo Strange, Victor Fries und der Psychopathin Barbara Kean, die es auf Gordons Freundin Dr. Leslie Thompkins abgesehen hat. Der Milliardär Theo Galavan profiliert sich als Retter der Stadt, wobei er und seine Schwester Tabitha Galavan eine Jahrhunderte alte Blutfehde totschweigen und Insassen des Sanatoriums Arkham rekrutieren. Gleichzeitig bekommt der junge Bruce Wayne eine Ahnung vom Vermächtnis seiner Familie. Wie lange also wird in der Stadt das Chaos herrschen?